Geçici depolama yeri işleticisinin, yükümlülüklerine aykırı hareket etmesi sonucunda vergi kaybına neden olması halinde, geçici depolama izni geri alınabilecek.Gümrük antrepo işleticisinin taahhüt ve yükümlülüklerine aykırı hareket etmesi nedeniyle vergi kaybı yaşanması halinde, antrepo açma ve işletme izni geri alınabilecek. Antrepolarda kaçakçılık gibi durumlar nedeniyle işletme izinleri geri alınan kişilere yeni izin verilmeyecek.

Gümrük müşavir ve müşavir yardımcıları dışındaki kişiler, gümrük müşavirliği yapacak tüzel kişilere ortak olamayacak, yönetim organında da görev alamayacak. Gümrük müşavir ve müşavir yardımcıları dışındaki kişilere şirketi temsil ve ilzam yetkisi verilemeyecek.

Yönetmeliğin  ayrıca, transit rejimleri ve antrepolardaki eşyanın başkasına devri gibi bölümlerinde de değişiklikler yapıldı.